Setelah alat aquaponik selesai dirangkai atau dibuat maka langkah selanjutnya yaitu penyemaian bibit sayuran pada aquaponik. Penyemaian bibit ini dapat menggunakan rockwoll dan tidak menggunakan rockwoll tergantung jenis aquaponik yang digunakan. Berikut merupakan gambar aquaponik dari masyarakat sasaran yang menggunakan sistem penyemaian rockwoll dan tidak menggunakan rockwoll. Setelah tahap penyemaian ini jika sayuran telah tumbuh maka dapat dipindah ke aquaponik tersebut sehingga sayuran tersebut dapat berkembang dengan baik.